Indigo

Мы открыли сайт с программными продуктами для органической химии, которые разрабатывались с 2004 года. Продукты реализованы на C++ и объединены в тулкит под названием Indigo.

• Bingo: картридж (плагин) к СУБД Oracle с реализацией различных видов «химического» поиска молекул и реакций.
• Dingo: библиотека для рендеринга молекул и реакций, с обёрткой на C# и command-line утилитой.
  
• Cano: библиотека для подсчёта canonical SMILES — уникального представления молекулы, с обёрткой на C#.
  
• Deco: библиотека и command-line утилита для разложения набора молекул на общую часть и заместители (R-Group deconvolution)
  
• Nucleo: библиотека для работы с нуклеотидными цепочками, с обёрткой на Java.

Поддерживаемые платформы — Windows, Linux, Mac OS X, Solaris на SPARC.

Дистрибутивы и исходники бесплатно выложены под GPL v3. В исходниках, кроме всего необходимого для работы с молекулами и реакциями, можно добыть немало реализаций общих алгоритмов на графах:

• Остовное дерево, разбиение на компоненты, разбиение на двусвязные компоненты
• Определение изоморфизма подграфу
  
• Наибольший общий подграф
• Нахождение группы автоморфизмов и канонической нумерации графа
• Канонический код дерева
• Перебор поддеревьев графа
• Перебор циклов графа
  

Краткий перечень этих и других реализованных алгоритмов находится на странице ресурсов.

Мы открыли три публичные почтовые рассылки:

• http://groups.google.com/group/indigo-dev — для разработчиков
• http://groups.google.com/group/indigo-bugs — для баг-репортов
• http://groups.google.com/group/indigo-general — для всего остального
  

Ещё раз адрес сайта: http://ggasoftware.com/opensource/indigo/.

Команда разработчиков находится в Санкт-Петербурге. Будем очень рады любым комментариям, вопросам, сообщениям об ошибках.